Gereja yang sekarang dikenal sebagai GBT Kristus Pelepas Malang berawal sebagai persekutuan rumah tangga yang dipelopori oleh Bapak Jusuf Gunawan dkk. pada tahun 1952. Mula-mula persekutuan ini bertemu di Jln. Kereta Api (sekarang Jln. Irian Jaya) Malang.
Setelah persekutuan rumah tangga tersebut berkembang dengan pesat, dibangunlah gedung gereja permanen di Jln. Grajen No. 2 (sekarang Jln. Sartono S.H. No. 2) dan kemudian bergabung dengan Sinode Gereja Beth-El Tabernakel (GBT) pada 21 Juni 1957.
GBT Kristus Pelepas Malang telah menjadi tuan rumah sejumlah kegiatan bersejarah dalam Sinode GBT:
4 November 1957 – Dibuka Kursus Alkitab Kelas Dua Angkatan Pertama
3-7 April 1963 – Diselenggarakan Kongres Besar IV GBT se-Indonesia
1964 – Diselenggarakan Kongres Pertama Persatuan Kaum Muda Tabernakel (PKMT)
1964 – Diterbitkan Majalah intern GBT berjudul “Shekina”
14-17 Juli 1981 – Diselenggarakan Musyawarah Besar XII GBT se-Indonesia
25-27 Oktober 2016 – Diselenggarakan Doa-Puasa dan Seminar Alkitab MPD3 (Jatim dan NTT)
25 Oktober 2022 – Diselenggarakan Musyawarah Daerah Majelis Pimpinan Daerah 3 (Jatim, Bali, NTT dan NTB)
2 September 20242 – Diselenggarakan Fellowship Hamba-Hamba Tuhan Majelis Pimpinan Wilayah Malang
19-21 Agustus 2025 – Diselenggarakan Doa-Puasa dan Pembinaan Pascagembala (DoPuPP) MPD 1, 2 dan 3.
Hamba Tuhan yang menjadi Gembala Sidang pertama adalah Pdt. Uren yang berasal dari Selandia Baru (1952-1954). Sementara itu, hamba Tuhan yang paling lama melayani sebagai Gembala Sidang adalah Pdt. Henoch Hadi Soesilo (1965-2014). Sejak Januari 2015, GBT Kristus Pelepas digembalakan oleh Pdt. Daud Soesilo dan Pdt. Vivian Soesilo.